U wybrzeży Haiti w 2003 roku odnaleziono wrak statku, który według teorii archeologa podwodnego Barry’ego Clifforda, opublikowanej w maju 2014 roku, był ponoć wrakiem Santa Marii.
Eksperci, badający szczątki wraku znalezionego przez Clifforda, stwierdzili jednoznacznie, że wrak w pobliżu Haiti, nie może być tym samym statkiem, na którym Krzysztof Kolumb wypłynął w swoją pierwszą podróż do Ameryki. Rząd Haiti, poprosił o zbadanie wraku, ponieważ amerykański badacz, twierdził, że znalazł szczątki statku Kolumba.
Podczas badań znaleziono niepodważalne dowody, zaprzeczające teorii archeologa. Odnaleziony wrak jest ze znaczne późniejszego okresu, ponieważ posiada elementy brązu i miedzi w postaci łączników, które używane były w szkutnictwie okrętowym w końcu 17 i 18 wieku. Przed tym okresem, używano wyłącznie elementów żeliwnych lub drewnianych w przemyśle stoczniowym.
Ponadto, w świetle współczesnych informacji, a przede wszystkim dziennika Krzysztofa Kolumba, przepisywanym przez Bartolome de las Casas, Santa Maria osiadła na mieliźnie w nocy z 24 na 25 grudnia 1492 r oku. Wrak znaleziony przez Barry’ego Clifforda jest zbyt daleko od brzegu, aby być karaką Santa Maria.